Die BAG KJPP verfügt über eine Geschäftsstelle, die derzeit in Schleswig angesiedelt ist.
Der Vorstand besteht derzeit aus 7 Mitgliedern, die alle 2 Jahre gewählt werden. In den Bundesländern ist die BAG durch die Regionalvertreter:innen organisiert.
Gemeinsam mit der DGKJP und dem BKJPP werden Kommissionen organisiert, in denen gemeinsame fachlich relevante Themen u. a. zur Weiterbildung, zur Jugendhilfe u. a. m bearbeitet werden.