Die Fäden der KJPP verfügt über eine Geschäftsstelle, die derzeit in Schleswig angesiedelt ist. 

Der Vorstand wird traditionell besteht derzeit aus 7 Migliedern,  die alle 2 Jahre gewählt werden. In den Bundesländern  ist die BAG durch die Regionalvertreter:innen organisiert. 

Gemeinsam mit der DGKJP und dem BKJPP werden Kommissionen organisiert, in denen gemeinsame fachlich relevante Themen u.a. zur Weiterbildung, zur Jugendhilfe u.a.m bearbeitet werden.